長期使用力強的藥物牙膏，不但會使口腔里的病原菌產生耐藥性，并且在抑止、消滅病原菌的同時，還會抑止、消滅口腔里的正常菌群，使口腔里的“生態平衡”受到破壞，造成新的口腔疾病和新的感染。
有些藥物牙膏中含有黃酮和刺激性高的物質，長期使用，不僅損害口腔內嬌嫩的黏膜，還會因長期持續刺激，使牙齦、口腔、舌頭等處炎癥而造成牙齦炎、口腔炎、舌炎等;有過敏喘咳的人會因藥物牙膏的刺激性異味而出現喘咳和胃部不適，有些藥物牙膏還含上色素，長期使用會污染牙面，使牙失去光澤，影響牙齒美觀。
此外，應用藥物牙膏刷牙，部分藥品可能會進到腸胃。實驗說明，有些藥物牙膏對大腸桿菌有較強的抑制效果，而腸胃里的大腸桿菌，能生成維生素B、K等，進到腸胃里的藥物牙膏，抑止大腸桿菌生長，使腸胃里的大腸桿菌數量降低，則可能引起人體維生素B、K等欠缺。
各種藥物牙膏是針對口腔疾病而制造的，它有極強的適應癥，如選用不當，則會產生一定的副作用。因而，正常人選用一般牙膏，以達到清理口腔為目的。
假如口腔、牙沒有疾病或變病不嚴重，可選用較傳統的一般牙膏，無須應用藥物牙膏。一般牙膏中大都含有冰片、丁香油、薄荷腦、留蘭香、百里香酚等預防口腔疾病的良藥，且一般牙膏香味濃郁，清爽可口，無不良反應。藥物牙膏則不同，大都有較強的適應癥，選用不當，會產生副作用。即便口腔生病，藥物牙膏也只是作為輕患者的輔助。任何患者口腔得病，尤其是口腔重病人而言，都應盡早就診，診斷。
一般來說，一般牙膏已具有一定的消腫抑菌作用，只要刷牙方法正確，就能達到清潔牙齒和口腔保健的功效。假如已發生嚴重的牙齒齲洞、牙周病、牙髓炎等病癥，應去醫院口腔科醫治，別把希望寄托在藥物牙膏上。
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